冬木市の穂群原学園小等部に通う女の子イリヤスフィール・フォン・アインツベルンは、ある夜飛来してきたカレイドステッキの人工天然精霊・マジカルルビーによって強制的に契約を結ばれ、魔法少女プリズマイリヤになる。
そして本来のカレイドステッキの持ち主の魔術師・遠坂凛に命令され、冬木に眠る強力な力を持つクラスカードの回収の手伝いをすることになる。